2006年5月29日，农信银资金清算中心在京举行开业庆典暨揭牌仪式。作为全国首家公司制的资金清算中心，他的成立和正式开业，对于丰富农村信用社结算渠道，改善农村结算环境，满足农村支付需求，具有非常重要的现实意义。

    一年来，农信银资金清算中心紧紧围绕“立足服务、力行规范、不断创新、寻求发展”的经营理念，努力加强公司组织机构建设、内控制度建设和人才队伍建设，克服重重困难，在短短三个多月时间里，成功搭建了全国农信银（农村信用社、农村信用联社、农村合作银行、农村商业银行，下同）第一个实时资金清算平台——“农信银支付清算业务网络系统”（以下简称“农信银清算系统”）。

    ——2006年10月16日，农信银实时支付清算业务系统上线试运行，首次实现了农信银系统异地资金的实时汇兑。

    ——2007年1月8日，全国“农信银”银行汇票资金清算业务正式开通，全国30家省级农信银机构及深圳农村商业银行所辖机构网点均可办理银行汇票兑付业务，结束了农信银机构只能采取委托他行兑付或代理签发其他银行的银行汇票为客户办理结算业务的历史。
 
    ——2007年2月5日，“农信银”个人存款账户通存通兑资金清算业务率先在在广东、湖北、湖南、深圳四省（市）农信银机构试点开通运行。

    截至目前，全国30个省、自治区、直辖市农信银机构及深圳农村商业银行，均已接入农信银实时和批量支付清算业务网络系统，其中广东、湖南、湖北、重庆、江西、江苏、深圳、山东、山西、青海、北京、河北（沧州）等12个省、市农信银机构，已陆续接入了农信银实时支付清算业务系统。农信银清算系统赋予社（行）号机构网点总数已达到3,736家，覆盖全国农信银系统近85000家机构网点的90%以上。农信银实时支付清算业务系统上线运行以来，累计处理各类业务35万多笔，累计清算资金89亿元。

    农信银资金清算中心成立以来，立足于农村金融市场，坚持服务“三农”的宗旨，在广大农信银机构的共同配合和努力下，成功构建了一条安全、便捷的农村地区异地支付结算渠道，为完善农村金融服务功能、提高农村地区支付结算服务水平做出了重要贡献。